İkinci iddianamede, Gazi olayları, ne olduğu bilinmeyen "Yeşil" kod adlı Yıldırım bağlantısı ile Veli Küçük'le irtibatlandırılıyor.

Milliyet'ten Musa Kesler'in haberine göre Ergenekon'un ikinci iddianamesinde, Madımak yangını, Gazi Mahallesi olayları, Başbağlar katliamı, Diyarbakır Koşuyolu Parkı'ndaki bombalama, Tuğgeneral Bahtiyar Aydın suikastı, Bingöl-Elazığ karayolunda 33 askerin şehit edilmesi "Ergenekon örgütü"ne bağlandı.

Ergenekon soruşturmasının ikinci iddianamesinde, Türkiye'nin son dönemine damga vuran birçok olayın ve eylemin yer aldığı iddia ediliyor.

İddianamenin dördüncü bölümünde yer alan bu iddiaların temel dayanağını gizli tanık ifadeleri oluşturuyor. Gazi Mahallesi olayları, Osman Gürbüz-Mahmut Yıldırım (Yeşil)-Veli Küçük zinciriyle Ergenekon'a bağlanıyor. İddialar şöyle:

Madımak Oteli yangını: 2 Temmuz 1993'te Sivas'ta Pir Sultan Abdal Şenlikleri sırasında Madımak Oteli kuşatılıp yakıldı. Otelde bulunan 33 aydın, yanarak hayatını kaybetti. Kamera kayıtlarında, Cuma namazından çıkan, aralarında sakallı ve sarıklı birçok kişinin de bulunduğu bir grubun tekbir getirerek oteli ateşe verdiği görülmüştü.

Gazi Mahallesi olayları: Mart 1995'te Gazi Mahallesi'nde Alevi vatandaşların bulunduğu bir kahvenin taranmasının ardından başlayan olaylarda, 15 kişi hayatını kaybetti. Nerede olduğu hâlâ meçhul olan Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım'ın adamları tarafından gerçekleştirildiği iddia edilen eylemde adı geçen Osman Gürbüz, Ergenekon davasında tutuklu.

Başbağlar katliamı: 5 Temmuz 1993'te, Erzincan'ın Kemaliye ilçesine bağlı Başbağlar köyüne gelen PKK militanları, köyün meydanına topladıkları 33 erkek köylüyü katletti ve köyü ateşe verdi.

Diyarbakır Koşuyolu Parkı'ndaki bombalama: 12 Eylül 2006'da meydana gelen patlamada ikisi bebek, yedisi çocuk toplam 10 kişi hayatını kaybetti.

Tuğgeneral Bahtiyar Aydın suikastı: Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Bahtiyar Aydın, 22 Ekim 1993'te Lice'de uzun menzilli bir suikast silahıyla başından vurularak şehit edildi. Ergenekon iddianamesinde Bahtiyar Aydın suikastıyla ilgili olarak ifadesi alınan eski PKK'lı "Deniz" kod adlı gizli tanık, Tuğgeneral Aydın'ın uydurma bir ihbarla Lice'ye çekildiğini öne sürdü. Gizli tanık, "Kesinlikle bu olayı PKK yapmadı. Paşanın, ne amaçla ve kim tarafından öldürüldüğünü bilmiyorum. Bu konunun Ergenekon soruşturması kapsamında ele alınmasının uygun olacağını düşünüyorum" demişti.

Hayata Dönüş operasyonu: 2000'de Ümraniye Cezaevi'nde meydana gelen olaylarda 4 mahkûm öldü, Gizli tanık ifadelerine göre, mahkûmlara silahlar Ergenekon yapılanması içinde yer alan unsurlar tarafından sağlandı.

Bingöl-Elazığ karayolunda 33 askerin şehit edilmesi: 24 Mayıs 1993'te Elazığ-Bingöl karayolunda asker taşıyan iki aracı durduran teröristler, acemi eğitiminin ardından birliklerine gitmekte olan 33 eri şehit etti. Eylemde bizzat yer aldığı iddia edilen Şemdik Sakık, Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılara ifade verdi.

Avukatları aracılığıyla açıklama yapan Abdullah Öcalan Sakık'ın bu eylemi Ergenekon adına gerçekleştirmiş olabileceğini ima etti. Öcalan, "Şemdin, doğrudan Ergenekon'la bağlantılıdır, onların adamıdır, demiyorum. Ancak, kullanılmıştır. Bu dönemde ateşkesi istemeyenler kimlerdi? Bunu anlamak benim için zor oldu" dedi.